Allerede i 1991 verserte det tanker og ideer om hvordan man ønsket å bruke Lyngør Bedehus i fremtiden. Det var blitt nedsatt et arbeidsutvalg på fem personer som skulle se på muligheten av å utvide bruken av bedehuset. Det var i første rekke et ønske om å gjøre bedehuset om til et grendehus.

Ønsket om bruksendring må ses på bakgrunn av den utviklingen bedehusene har hatt generelt, og Lyngør Bedehus spesielt. Generelt sett har man i de senere årene sett tendensen til at bedehusene står tomme store deler av året. Amanuensis Jan Inge Jensen ved Høgskolen i Agder har deltatt i et prosjekt i regi av Discipling A Whole Nation (DAWN) som har kartlagt virksomheten på bedehusene i Agder. Det blir her fastslått at over halvparten av bedehusene er uten åpne kristelige møter.

For Lyngør Bedehus` del har det de siste årene vært liten religiøs virksomhet i huset, og i 1985 trakk det gamle bedehusstyret seg fra sine verv, hvor bl.a ansvaret for religiøse møter og gudstjenester var en del av deres arbeid. De var blitt for få og for gamle til å fortsette. Et nytt styre ble valgt, men disse påtok seg vervet fordi de så at bedehuset kunne være velegnet som grendehus (Vårt Land, 4/1-95).

Samtidig som bedehuset har rommet kristelige aktiviteter som gudstjenestene i påsken og i jula, har det vært leid ut til en privat barnepark store deler av året. Under Lyngørdagene har huset vært brukt som utstillingslokale. Dette har gitt bedehuset noen inntekter, men langt fra tilstrekkelig for å vedlikeholde og modernisere huset. Ansvaret for bedehuset ble derfor overtatt av Lyngør Vel. Siden 1988 har Lyngør Vel brukt ca. 12-15.000,- kroner hvert år på å drive og vedlikeholde bedehuset. En omgjøring av huset kunne gi flere sårt tiltrengte penger til den videre driften av bedehuset.

I 1995 til 1996 ble det fortgang i arbeidet med å omgjøre bedehuset til grendehus. Det skulle vise seg at arbeidet med en slik bruksendring ble mer komplisert enn man kanskje i utgangspunktet hadde forestilt seg, og advokat ble satt på saken.

De gamle statuttene fra 1900 ble i første omgang en hindring for en umiddelbar bruksendring, og saken måtte utredes. Alle berørte parter som slektninger og arvinger av de som bidro til å oppføre huset, kirken, fylkesmannen i Aust-Agder, Lyngør Vel, Lyngør Grunneierforening og Lyngørs befolkning, fikk uttale seg i saken.

I hovedsak var problemene knyttet til vigslingen av bedehuset, og hvorvidt det måtte devigsles av kirken. Kirken uttalte således at det ikke fantes noen formelle krav til devigsling av huset.

Videre står det i statuttene "at bedehuset skal drives i den ånd der er vedtaget i statutterne" og "dersom huset blir solgt eller ånden i statutterne blive forandret skal det betales grundleie". Det var spesielt dette punktet som advokat Ove Andersen grep tak i, og i et notat av 3.mai 1995 gir han en utredning av problemene.

Den 25.mars 1996 ble det innkalt til møte angående fremtidig bruk av Lyngør Bedehus. På dette møtet ble det stemt over en eventuell bruksendring av bedehuset.

I følge bedehusets statutter kunne følgende stemme over det fremsatte forslaget om omgjøring av bedehuset til et grendehus:

"de mænd og kvinder i Lyngør, der tilhører statskirken eller den evangelisk lutherske frikirke og føre et ulastelig liv", samt "har fyldt sit 21de aar"
....."har bidraget til bedehusets opførelse med mindst 5 – fem kroner"
....."eller i nærmest foregaaende 3 –tre aar har betalt en aarlig kontingent af mindst
      1– en krone til bedehusets veligeholdelse".

Ved avstemmingen gikk man bort i fra en del av reglene for å stemme. For å kunne stemme i sakens anledning, måtte man være fastboende, 21 år gammel og medlem av statskirken eller frikirken. For at en bruksendring kunne finne sted, ble det krevd ¾ flertall. Med 49 stemmer for og 10 stemmer i mot, ble det vedtatt å tillate flere typer arrangementer i bedehuset, bl.a. med alkoholservering.

En forutsetning for en slik endring var at religiøs virksomhet alltid skulle ha forrang ved eventuelle kollisjoner av arrangementer.

Lyngør Vel har nå til hensikt å kjøpe huset etter takst. Pengene som Velforeningen må ut med skal gis til Ytre- og Indremisjonen etter at arvingene har fått sitt. (Agderposten, 26/3-96).

I årsrapporten for 1997/98 står det under punktet "bedehussaken" følgende: "Bedehussaken gikk inn i avslutningsfasen før jul: Lyngør Vel har kjøpt bedehuset, et arbeidsutvalg har nå overtatt utviklingen av huset, som skal bli et flerbrukshus for Lyngør. Et stort arbeid ligger foran oss, og vi håper at huset skal bli til hygge og glede for alle, og en dag fremstå som en "storstue" som alle kan ha glede av, og være stolte av".

Etter at bruksendringen fant sted har det vært avholdt 100-års jubileum for Sjømannsforeningen der det ble servert hummer med alkoholholdig tilbehør. Et damelag har brukt huset til en hyggekveld og hvor ost og rødvin sto på menyen.

Høydepunktet foreløpig må vel sies å være Arja Saijonmaas konsert holdt i bedehuset torsdag den 18/3-99.

Nå står Lyngørs befolkning foran en ny avstemming; hva skal det gamle bedehuset hete. Siden huset nå har fått utvidet bruksområde, passer kanskje ikke det gamle navnet så godt lenger. Men når sant skal sies vil det nok ta en god stund før "bedehuset" som navn og begrep forsvinner ut av både de fastboende og alle sommergjestenes bevissthet.